Das oberste Organ des Vereins ist die Mitgliederversammlung (auch Hauptversammlung genannt). Die Mitgliederversammlung bestellt das Präsidium (BGB-Vorstand) und ruft diesen ab (alle 3 Jahre). Das Präsidium, die ehrenamtlichen Mitarbeiter der Funktionsebene und die Abteilungsleiter der Sportarten bilden den Vorstand des Vereins. Bei Belangen, die den Gesamtverein betreffen, sind die Funktionsträger zuständig. Die Abteilungsleiter fungieren als Ansprechpartner für ihr jeweiliges Sportangebot. Die hauptamtlichen Mitarbeiter berichten direkt an das Präsidium.
Die Fußball-Leistungsmannschaften (Profimannschaft, U23, U19, U17) wurden 2008 in die Eintracht Braunschweig GmbH & Co. KGaA ausgegliedert. Seit 2012 werden die Fußball-Nachwuchsmannschaften (U12 - U18) im Nachwuchsleistungszentrum ausgebildet und sind der GmbH & Co. KGaA zuzuordnen. Das Nachwuchsleistungszentrum befindet sich im Kennel-Sportpark. Der Aufsichtsrat ist das oberste Gremium der Eintracht Braunschweig GmbH & Co. KGaA. Die Mitgliederversammlung wählt den Aufsichtsrat für 5 Jahre.
